Hlavný kontrolór má v obciach a mestách špecifickú a nezastupiteľnú úlohu. To však neznamená, že keď je dočasne neprítomný – napríklad pre dovolenku alebo chorobu – má byť paralyzovaný aj vnútorný systém oznamovania.
Zákon o ochrane oznamovateľov vyžaduje, aby bol funkčný nepretržite, teda 24 hodín denne, 7 dní v týždni. Za to, že oznamovací systém funguje aj počas neprítomnosti hlavného kontrolóra, zodpovedá starosta alebo primátor.
Nie je však vhodné a neodporúčame, aby oznámenia v takomto prípade vybavoval priamo starosta alebo primátor, hoci zákon ani takýto postup nevylučuje. Oznámenia sa totiž často týkajú práve vedenia obce či mesta, čo by mohlo vyvolať pochybnosti o nestrannosti a odradiť ľudí od oznamovania, ale tiež zmariť preverovanie oznámení.
Najlepším riešením je preto poveriť iného zamestnanca obce alebo mesta, ktorý je dôveryhodný, nestranný a má primerané odborné predpoklady. Je vhodné, aby zastupovanie bolo upravené aj vo vnútorných pravidlách obce alebo zabezpečené prostredníctvom útvaru hlavného kontrolóra, ak je zriadený. Takto môže systém oznamovania fungovať spoľahlivo aj vtedy, keď hlavný kontrolór nie je prítomný.
